Az új Ninja Warrior Germany Kids: Ninja Run játékban elmész a ninja templomba, ahol tizenéveseket képeznek. Karakterednek bizonyos időtartamú edzés után ma le kell tennie a vizsgán. Ebben segítesz neki. Hősödnek át kell esnie egy bizonyos akadálypályán. A képernyőn előtted egy szám jelenik meg, amelynek elején a karaktered állni fog. Hősöd, jelzésre fokozatosan felgyorsulva halad előre. Útközben különféle akadályokkal és struktúrákkal fog találkozni. Ügyesen irányítva a hősödet, körbe kell szaladnod, és lassítás nélkül fel kell másznod másokra. Az úton néha különféle tárgyakkal találkozhat. Gyorsan össze kell gyűjtenie őket. Minden elem, amit felvesz, bizonyos pontokat hoz Önnek.