Az új, izgalmas Pokemon Mega játékban eljutsz egy olyan világba, ahol olyan lények, mint a Pokemon, együtt élnek az emberekkel. Néhány közülük elég kedves és segít az embereknek. De a rész még mindig agresszív, és éppen ellenkezőleg, megtámadja az embereket. Ez utóbbival kell megküzdenie. Az a hely, ahol karaktered lesz, megjelenik az előtted lévő képernyőn. Különböző tárgyak lesznek szétszórva körülötte. Az első dolog, amit meg kell tennie, megkerülni a környéket és összegyűjteni őket. Ezután menjen a gonosz Pokemon keresésére. Amint megtalálja, kezdje meg a támadást. Ehhez egy speciális vezérlőpult segítségével küldje csatába Pokemonját. Elkezdi károsítani az ellenséget. Időben meg kell gyógyítania a harcosát, hogy ne haljon meg. Miután megsemmisítette az ellenséget, pontokat kap, és felveheti a tőle elejtett trófeákat.