Egy Japánban található kis falu közelében megjelentek az élő halottak. Éjszakánként barangolnak a településen és zsákmányolják az embereket. A bátor nindzsa harcos Kyoto parancsot kapott a császártól, hogy semmisítse meg a zombikat. A Ninja Versus Zombie játékban te segíted a nindzsát ebben. A képernyőn előtted lesz egy terület, ahol a karaktered fog elhelyezkedni. A vezérlőgombokkal irányíthatod a nindzsa akcióit. Előre kell futnia a terepen, és alaposan körül kell néznie. Útközben aranyérméket és egyéb tárgyakat gyűjthet majd szétszórva a helyszínen. Amint találkozol egy zombival, támadd meg. A nindzsa-arzenál különféle fegyvereivel elpusztíthatod a zombikat a Ninja Versus Zombie játékban, és pontokat szerezhetsz érte.