A csoportok közötti fegyverszünet csaknem egy évig tartott, amíg egy vírust nem találtak az egyik bandit számítógépről. Most el kell kezdeni egy heves csata a Metal Slug 4-ben, hogy ne hagyjuk a cyber támadást a fő kiszolgálóra. A pusztítás fenyegetése erős, ami nem csak a tolvajok számítógépes rendszereit képes felvenni a törvénybe, hanem veszélybe sodorja az ország internethálózatát felügyelő"Anteus"vállalatot. Trevor Spacey és Kassel Nadia már teljesen karban vannak, és készek rohanni veletek a betolakodóknál. Ne végezzen csapatát, azonnal hagyja el a kényelmes zónát, és elkezdi az ellenség ellen harcolni.