Egy Tom nevű fickót elítéltek olyan bűncselekményért, amelyet nem ő követett el, és börtönbe zárták. Hősünk szabadulni szeretne, és bizonyítékokat találni, amelyek bebizonyítják ártatlanságát. Ön egy új izgalmas online játékban vesz részt a Prison Break-nek, hogy segítsen a srácnak megszökni a börtönből. Először is segítened kell a hősnek kiválasztani a zárat és kijutni a cellából. Ezt követően titokban előre kell haladnia, elkerülve a videokamerákat és az őröket. Útközben a karakter különféle tárgyakat gyűjthet majd össze, amelyek segítenek neki megszökni. Amint a srác kikerül a börtönből, a Prison Break játék pályája teljes lesz, és továbbléphet a következőre.