A bátor Kyoto-ninja be kell lépnie a védett kastélyba, és onnan eltulajdonít egy tárgyat, amely egyszerre ellopta rendjének templomát. Ön a Jump Ninja Hero játékban csatlakozik a kalandjaihoz. Ahhoz, hogy eljussunk a kastélyba, a hősünknek egy bizonyos területen kell futnia, amelyet ellenséges katonák őrzik. Hősünkkel folyamatosan tüzet fognak a íjak, a keresztlécek és más fegyverek. Te vezetsz, a hősünknek ki kell aknáznia minden repülő tárgyat. Csak így képes túlélni és elérni útjának végpontját.
