A Dark Ninja történetének hősét a piros ninja iskola képezte. Sokat tanult, de nem volt elégedett az ideológiával, amelyet a mesterek vallottak. A diákok fejét levágták, és arra kényszerítették őket, hogy kérdéseket ne kérdezzenek. A ninjaink szabadságra és önállóvá váltak, és ez arra késztette, hogy hagyja el az iskolát. Kiszivárgott és megváltozott ruhát vörösről feketere. Ettől a pillanattól az összes korábbi osztálytársa ellensége lett. Soha senki sem hagyta el az iskolát ilyen módon, ezért úgy döntöttek, hogy elpusztítják a Fekete Nindzt. Segíts a hősnek kimenni, küzdeni a riválisokkal és gyűjteni a yin / yang amulettjeit. Control: nyilak - mozgás, A - támadás.
