Egy speciális elit egységből származó Contra harcos lesz a Metal Wings játék hőse. A hősnek hihetetlen ellenfelekkel kell szembenéznie - ezek különböző méretű szörnyek. Erősek, mozgékonyak, különleges képességekkel rendelkeznek, de mindenkinek van megfelelő fegyvere, és senkit sem fog kímélni. A fegyverek javíthatók vagy megváltoztathatók az adott helyzetben legmegfelelőbbre. A katonának van bizonyos tapasztalata, különben senki sem vitte volna elit osztagba, de lehet, hogy nem lesz elég, ezért nagyon szükséges a segítséged. Az ellenség túl erős, és mivel ezek nem egyszerű halandók, nehéz megállapítani, hol vannak a gyenge pontjai. Ez csak három csatában derül ki a Metal Wingsben.
