A nindzsa úgy döntött, hogy kinyújtja a lábát és körbefutja a várost, és érméket gyűjt. A Ninja Runner játékban egy hőssel találkozhatsz, és segítesz neki városi parkourt rendezni. Nincsenek leküzdhetetlen magasságok a hős számára, többször rákattinthat a srácra, és bármelyik csúcsra ugrik: platformra, toronyba és még egy csúcsra. Miután áthaladt a pályán, továbbléphet egy másikra, de légy óvatos, az új szinteken további akadályok lesznek éles tüskék formájában, amelyekre nem kell ugrani, hogy ne veszítse el az életszíveket. Egyre több éles akadály van, ami azt jelenti, hogy nagyon gyorsnak és mozgékonynak kell lenned, hogy megmentsd a nindzsát a Ninja Runnerben az életveszteségtől.