Egy Boboboy nevű fickó a Galaxis különböző bolygóira utazik, és különféle gonosztevők ellen harcol. A Boboiboy Galaxy Run játékban te segíted a karaktert ebben a kalandban. Előtted a karaktered látható lesz a képernyőn, amely egy bizonyos helyen fog elhelyezkedni. A vezérlőgombok segítségével irányíthatja a műveleteit. Hősödnek előre kell futnia a bolygó felszínén, fokozatosan felgyorsítva. Útja során tüskék fognak kilógni a földből, zuhanások és egyéb veszélyek. A hős ugrásra készteti, és átrepül a levegőben mindezen veszélyeken keresztül. Miután találkozott az ellenséggel, tűzrögökkel fog rálőni. Így elpusztítod az ellenfeleket, és pontokat kapsz érte. Segíts a srácnak abban is, hogy összegyűjtse az útjában szétszórt különféle hasznos tárgyakat.