A ninja épp most tért vissza egy túráról, és úgy döntött, felkeresi szülőhelye kolostorát, ahol tanult, és kedvenc tanárát, aki hatalmas tudást adott át neki, és megtanította, hogyan irányítsa testét és szellemét. A szerzeteseket csüggedten és nagy csalódottságban találta. Előző napon a vörös szamuráj megtámadta a kolostort, és ellopta a rúnákkal ellátott ősi kövek gyűjteményét. Ezek szent kövek, amelyeket évszázadok óta őriznek a kolostorban. Hősünk megesküdött, hogy visszaad mindent, amit elloptak, és azonnal útnak indult. Segíts a Ninja Run hősének teljesíteni szent küldetését. A ninja futni fog, és te segítesz neki időben átugrani az akadályokat és az ellenségeket, köveket gyűjtve.
