Manapság a híres Ji Ai Joe csapatnak sokat kell végeznie, és a játékban vanunk. I. JOE: A Cobra folytatása segít nekik ebben. A játék elején meg kell választanod az első küldetést. Menj északra vagy a dzsungel dzsungelbe. Minden küldetésben meg kell találnia a terroristák alapját, és el kell pusztítania. A bázis körül biztonsági csapatokat hoznak létre, amellyel csatába kerül. Lőfegyverekkel és robbanóanyagokkal kell megsemmisíteni őket. Miután ellenségeket gyilkol, gyűjts össze fegyvereket és lőszereket, amelyek segíteni fognak a feladatban.