A távoli jövőben az idegenek megtámadták a földet, és megpróbálták megragadni. Most sok embernek küzdenie kell a túlélésért. A játékban a Ninjuzi segít a bátor ninja-háborúban, hogy megakadályozza a robotok támadását, akik több városi blokkot szeretnének rögzíteni. A hősed lőfegyverrel lesz fegyveres. Amikor a robotok megtámadják őt, meg kell célozni a fegyvert az ellenségre, és el kell pusztítania őket célzott lövésekkel. Ha bármelyik tárgy kiesik az ellenségektől, fel kell venned.
