A játék második részében a Doktor Fogak 2 fogorvosként fog dolgozni egy gyermekklinikán. A recepción különböző gyermekeket fog kapni, akiknek fájdalmas fogai vannak. Meg kell nekik őket az irodában, hogy üljön a páciensnek a székre. Most meg kell vizsgálnia a beteg fogait, hogy diagnózist készítsen. Ez segít a kezelés módjának meghatározásában. Most, speciális szerszámok és gyógyszerek segítségével kezelni kell a fogait. Amikor a páciens teljesen egészséges, meghívhatja a következő beteget és kezelje már.
