A fiatal srácot, Narutót az egyik legjobb kéz a kézben harcosnak tartják. Hősünk gyakran segít a sötét ninja-rendek elleni csatákban. Tehát ma számos küldetést kell teljesítenie, és a Naruto Ninja Council játékban ebben segíteni fog neki. Karaktered látható lesz a képernyőn előtted, aki egy bizonyos területen tartózkodik. A vezérlőgombok segítségével előrelépheti hősét. Útja során olyan akadályokra és csapdákra bukkan, amelyeket Narutónak meg kell kerülnie vagy át kell ugrania sebességgel. Amint találkozol az ellenséggel, megkezdődik a csata. Ütésekkel és rúgásokkal kell megütnie az ellenséget, valamint technikákat kell végrehajtania. Az Ön feladata, hogy kiütje ellenfelét, és pontokat szerezzen érte.
