A Ninja Dogs 2 második részében továbbra is segíteni fog egy csapat ninja kutyának a macskák királyságából származó őrök elleni küzdelemben. Ma meg kell támadni a váraikat, és el kell foglalni vagy el kell pusztítani őket. A képernyőn egy bizonyos területet fog látni, ahol az épületek találhatók. Az épületeken belül katona macskákat fog látni. Az épületektől bizonyos távolságra ágyút szerelnek fel. Segítségével lelövi harci kutyáit, és miután megtettek egy bizonyos távolságot, az épület falába csapódnak, és elpusztítják a támadó macskákat. Ehhez ki kell számítania lövéseinek pályáját. Az összes macska megsemmisítése után pontokat kapsz, és a játék következő szintjére lépsz.