A Gomba Királyságban ismét bajok, ismeretlen lények maszkban és köntösben támadták meg a földet, és ezek nem emberek, hanem látszólag robotok, amelyek minden élőlénnyel szemben állnak. Jól felfegyverkeztek, és a fegyverek nem földi eredetűek. De hősünk, Mario szintén nem hiányzik a Super Mario Mission Impossible -ból. Erőteljes robbantót használ, amely halálos lézersugarat lő, hogy biztosan elpusztítsa a szokatlan ellenségeket. De csak egy vízvezeték -szerelő van, és sok a robot, ezért siessen a segítségére, és pusztítson el mindenkit, aki útközben találkozik vele. A hős folyamatosan mozogni fog, és fontos, hogy ne engedjük túl közel az ellenséget a Super Mario Mission Impossible -ban.
