A világ körül utazva Naruto véletlenül beleesett egy portálba, amely az árnyékvilágba vitte. Hősünknek most haza kell találnia az utat. A Naruto Shadow Adventures játékban te segítesz neki ebben. A vezérlőgombok használatával arra kényszeríted a hőst, hogy haladjon előre a területen. Útközben különféle akadályokat és csapdákat fog legyőzni. Mindenhol érmék és egyéb tárgyak lesznek szétszórva, amelyeket hősödnek össze kell gyűjtenie. Ha rábukkansz e világ lakóira, árnyékbotemberekre, meg kell küzdened velük. Naruto akcióinak irányításával lecsapsz az ellenségre. Az ellenség elpusztításával pontokat kapsz, és felveheted a belőle kieső trófeákat.
