Mario nevű, rugalmas vízvezeték-szerelőnket egy portálon keresztül Yoshi's Island titokzatos szigetére szállították. Hősünknek most haza kell találnia az utat. Mario látható lesz előtted a képernyőn, aki az Ön vezetése alatt halad előre a helyszínen. Útközben aranyérméket és egyéb, szétszórt tárgyakat fog gyűjteni. Útközben kudarcok a talajban, akadályok és egyéb veszélyek várnak rá. Néhányat a hősöd képes lesz megkerülni, más veszélyeken át egyszerűen átugorhat. A Yoshi's Island minden szintjének végén a következő szintre vezető portál vár rád.