A 3D Mega Maze játék megalabirintusokon való áthaladást kínál mind a huszonöt szinten. Mivel a labirintusok nagyon nagyok, szintekenként több szakaszban fogod végigmenni rajtuk. A nyilak segítségével vigye a labdát az ellenőrzőponthoz, ekkor megjelenik a következő ellenőrzőpont, és így tovább, amíg a labda el nem éri a kusza labirintus kijáratát. Egy ellenőrzőpont áthaladása után nem lehet visszamenni, az ösvény le lesz zárva, így csak a 3D Mega Maze-ben lehet előre haladni.