Az Alien Quarantine játék egy titkos laboratórium területén játszódik, ahol kísérleteket végeznek elfogott idegen lényekkel. Az egyik idegennek sikerült kiszabadulnia, ő kiszabadította a többieket és igazi káosz kezdődött a laboratóriumban. Az Alien Quarantine játék hősét felderítésre küldik, de veszélyes ellenséggel néz szembe. Vissza kell állítania a biztonsági rendszert, hogy megakadályozza a szörnyek betörését más szektorokba. Ehhez több eszközt kell aktiválni, mozgatni és lövöldözni, elkerülni az idegen támadásokat.
