Anna hercegnő úgy döntött, hogy az inkognitói városba megy, és meglátja, hogyan élnek a hétköznapi emberek. A város körül sétált, úgy döntött, hogy elindul a város metrójára. De a baj az, hogy az egyik bűnöző felismerte őt, és most, együtt a bűntársaival, azt akarja, hogy elkapják a váltságdíjat. A Subway Princess Run játékban meg kell segítenie a hercegnőt, hogy menjen el tőlük a metró alagútjain. A hősnője végigfut majd rajtuk, és fokozatosan felkapja a sebességet, és összegyűjti a különböző aranyérméket és egyéb tárgyakat. Segítenie kell az akadályokkal való ütközések elkerülése és a különböző akadályok átugrása.
