A Ben 10 nem idegen egy újabb külföldiek érkezésekor, akik földalatkozni akarnak. De ezúttal a Ben 10 Omnitrix Shadow-ban a dolgok sokkal komolyabbak lettek. Az idegeneket egy fekete páncélú lovag vezette, energia áramot indított Benbe, sötét energiával megfertõzve a fickót. Aztán a betolakodók gyorsan távoztak. Egy sötét vírus telepedett le a hősben, amely idővel gonosz szörnyré válik, mint mindenki, aki az omnitrixben van. A helyzet javításához és a vírus megszabadulásához meg kell találni a három gazembert, és meg kell semmisíteni őket. Segítsen a karakternek újra önmagává válni, és akadályozza meg az átalakulást.