Egy stratégiai szempontból fontos szigetet elfogtak a militánsok, és a Metal Guns Fury csapat feladata volt az ellenség teljes megtisztítása, a polgári lakosság védelme. Az egyik katonának fog viselkedni. A parancsnok parancsot ad, ismerteti a misszió feladatát, amelyet be kell fejezni. Ez lehet egy bizonyos mennyiségű ellenség megsemmisítése vagy a túszok megmentése. Mindenesetre sokat kell lőnie. Díjakat gyűjtve emelik a harcos státusát, erősebbé és magabiztosabbá teszik őt. Rendszeresen szivattyúzza a hősöt úgy, hogy új erős fegyvert kapjon. Egyre több ellenség és fegyverre lesz szükség.