Vizsgálja meg a Gomba Királyságot, újra vészhelyzet történt - Peach hercegnőt elrabolták. De ezúttal a gonosz Bowser-nek nincs semmi köze hozzá, mivel ez nem meglepő. A szegény dolgot egy gonosz szellem húzta el, és túszul elrepült egy teljesen más világ sötét oldalára, amely nem tartozik ahhoz, ahol Mario él. A bátor vízvezeték-szerelőnek át kell lépnie a Minecraft világába, és megtalálnia kell az emberrablót. Ha egy idegen területeken tartózkodik, Mario olyanok lesz, mint a blokklakók, és ez nem meglepő, hogy nem kell kitűnnie. Segítsen a hősnek a Super Mario MineCraft Runner futtatásában egy hosszú ösvényen, akadályokkal, érmék gyűjtésével.