A bátor nindzsák parancsot kaptak a parancsnokság vezetőjétől az arisztokrata kastélyába való behatoláshoz, és ott dokumentumok ellopására. Ön a Ninja Run Up And Down játékban segít neki ezekben a kalandokban. A karakterednek a vár felé kell futnia egy út mentén, amely áthalad egy bizonyos területen. Útközben különféle csapdákkal és szörnyekkel találkozik. Rájuk rohanva kényszerítened kell a hősödet, hogy ugráljon és repüljön a levegőben ezen a veszélyen keresztül.
