Az új Ninja vs Ninja játékban meglátogatja a világot, ahol a box-emberek élnek. Háború van a két nindzsa parancs között, és csatlakozol az egyikhez. A karaktered egy piros doboz ember. A szobában lesz, ahol ellenfelének kék. Között különféle akadályok és csapdák találhatók. A karaktert minden ilyen veszélyen át kell vezetnie, és meg kell támadnia az ellenfelet. Különböző dobófegyverekkel elpusztíthatja az ellenséget, és pontokat szerez érte.
