Az új Ninja Run játékban segíteni kell egy bátor nindzsának, aki teljesíti az ő parancsnoka feladatát. A hősének be kell hatolnia a védett területbe, és össze kell gyűjtenie a mágikus csillagokat, amelyek egy adott időben ott jelennek meg. A hősök az út mentén fut, fokozatosan gyorsulva. Amint észreveszi a csillagokat, próbálja összegyűjteni őket. Útközben különféle akadályokkal és csapdákkal fog találkozni. Ha irányítod a hősödet, át kell ugrani rájuk. Ha nincs ideje reagálni, akkor a hős meghal, és megbukik a szint átlépésén.
