Naruto már régóta nem volt a nyugtalan tinédzser, aki nem ismeri képességeit, ám bölcs nindzsa tapasztalatnak nevezni még mindig nehéz. Ennek ellenére van egy csapata és készen állnak harcolni a sötét erőkkel a jó shinobi vezetővé váláshoz való jogért. A Ninja Runner Runato játék szakaszában segíthetsz a hősnek legyőzni a következő ellenségeket, amelyek áramlása nem szárad ki. Az ellenfelek száma nagy, és a hős gyorsra állt. Gyorsan fog futni, és te engeditek, hogy reagáljon a szembenálló akadályokra, mind életre, mind életre.