A bátor Mario vízvezeték-szerelőt egy portálon keresztül egy másik világba szállították. Most hősünknek meg kell találnia a kiutat, és a Super Mario 64-ben ebben segít. A képernyőn előtted egy bizonyos terület jelenik meg, ahol a karaktered lesz. A vezérlőgombok segítségével meg tudja mondani, hogy melyik irányba kell mozognia. Hősöd fokozatosan halad előre, egyre gyorsabban. Útja során különféle csapdákkal és akadályokkal találkozik. Némelyiket hősöd megkerüli az irányításod alatt. A többiek fölött át kell ugrania. Ha nincs időd reagálni, akkor hősöd csapdába esik és meghal. Különböző aranyérmék és egyéb tárgyak lesznek szétszórva mindenhol. Az irányításod alatt álló Mario-nek mindet össze kell gyűjtenie.