A nindzsa birodalma ismét nyugtalan – egy ősi gonosz ébredt a kazamatákban, és hatása átterjedt a királyság lakóira. A termés kiszárad, az emberek és az állatok megbetegszenek, és ez csökkenti a kincstárat. A Kingdom of Ninja 2 játékban a nindzsakirály ismét a földalatti templomokba megy, hogy megszabadítsa őket a gonosz teremtményeitől. Ráadásul a túlvilági lények minden megjelenését az is kíséri, hogy az arannyal ellátott ládákat a labirintusokba mozgatják. Ez egy furcsa jelenség, de megfigyelték, hogy miután az összes kincs eltűnt, a szörnyek feloszlanak. Ez egy nagyon szerencsés egybeesés, mert így a király képes lesz feltölteni a kincstárat és támogatni állama lakóit. Elmész vele a föld alá, és segítesz neki átmenni az összes teszten. Rengeteg csapda vár rá, ami a poliból és a mennyezetről fog megjelenni. Néhányan a folyosókon mozognak, és ügyesen kell manővereznie, hogy elkerülje az ütközést. Miután találkozott a szörnyekkel, ne próbáljon megküzdeni velük, mivel hősöd fegyvertelen, jobb, ha észrevétlenül elsurransz mellettük, vagy egyszerűen átugorva folytatod utad a Kingdom of Ninja 2 játékban. Gyűjts össze minden egyes érmét, és akkor a börtön újra biztonságban lesz.