A nindzsa birodalma egy ideig nyugodtan élt és fejlődött, új városok épültek, nőtt a lakosság, majd riasztó jelzések kezdtek érkezni a külterületekről. Az emberek ismét észrevették a sötét erők hatását a régi börtönökből. Tehát a négyszögletes nindzsakirálynak újra le kell mennie a katakombákba, és ki kell törölnie azokat a Kingdom of Ninja 4 játékban. Te és ő a labirintus bejáratánál találod magad, és segítesz neki egymás után átjutni a pályákon. A piros zászlótól az ajtóig kell menni, de ehhez maximális kézügyességet kell használni, mert sok csapda áll előttünk. Ezek lesznek forgó fűrészek, éles tüskék, ágyúk, amelyek ágyúgolyókat lőnek a falakról és még sok más. Ügyesen kell manőverezni közöttük, át kell ugrani és a cél felé haladni. Szörnyek jönnek feléd, de ne próbáld megölni őket, mivel a hősöd fegyvertelen, jobb, ha egyszerűen megkerülöd őket a Kingdom of Ninja 4 játékban – nem fognak üldözni. Gyűjts értékes kristályokat, aranyérméket és nyiss kincsesládákat. Miután elérte az utolsó szintet, és összegyűjtötte az összes értéket, a hátrahagyott szörnyek elpárolognak, és többé nem okoznak problémát a királyság lakóinak.
