Minden változik az idő múlásával, és a Mario világa is. Ha korábban az összes ellenséget ismerték, és nem voltak olyan sokan, akkor most rejtetté és veszélyesebbé váltak. A Super Mario Vs Maffiában bátor vízvezeték -szerelőnknek egy nagy maffiacsoporttal kell szembenéznie. Külsőleg szilárd fickók, fekete öltönyben, de valójában igazi banditák, ráadásul kegyetlenek és irgalmatlanok. Segíts a hősnek megbirkózni az összes bűnözővel. Valószínűleg először fog látni egy erőteljes kézi lőfegyvert a hős kezében. A lőszerkészlet minden szinten a helyzettől függően változik, de mindig kevesebb lesz, mint szükséges. Ezért minden lövésnek el kell érnie a célt. Egy golyóval a hős egyszerre több banditát is elpusztíthat, ha ugyanazon a sávon vannak, vagy egy rikoccs segítségével a Super Mario Vs Mafia -ban.
