A gombabirodalom idegen invázión ment keresztül. Idegen robotok sétálnak a peronokon és az utcákon, fenyegetve minden lakót vaskarmaikkal. Mario az egyetlen, aki képes ellenállni az agresszornak, már evett gombát, nagy Super Mario lett, kalapáccsal és kövekkel felfegyverkezve, és harcra kész. Segíts a hősnek, elég gyorsan fog mozogni, te pedig a jobb alsó sarokban lévő kiválasztott gombok megnyomásával kővetésre kényszeríted őt, vagy kalapáccsal megütöd az ellenséget. Jobb kövekkel dobálni a nagyobb robotokat. A kicsiknek pedig elég egy erős fejütés a Super Mario Runban.