A játékvilágban minden a feje tetejére állt. Az egykor békés Gombabirodalomban, ahol mindig nyugodt volt, és csak gombák vagy teknősök játszhattak egy kicsit, valóban veszélyes ellenségek kezdtek megjelenni - zombik. Mariónak nem először kellett erős fegyvert felvennie, hogy ellenálljon az inváziónak, különben véget ér a világ. A Super Mario Shooting Zombie játékban segíthetsz a hősnek kiütni az élőhalottakat azokról a helyekről, ahol remélték, hogy elrejtőzhetnek, és elbújhatnak jobb időkig. Mindenhonnan be kell szerezned az élőhalottakat, az összes rendelkezésre álló tárgyat felhasználva, valamint a Super Mario Shooting Zombie játékban is kell ricochetezni.
