A # 46 kódnevű titkosügynöknek ma számos küldetést kell végrehajtania szerte a világon. A Super Spy Agent 46 játékban te segítesz neki ebben. A küldetés kiválasztásával egy bizonyos területen találja magát. A vezérlőgombok használatával előreléptetheti hősét. Nézz körül alaposan. Amint észreveszi az ellenséget, irányítsa rá a fegyverét, és kapja el a céltávcsőben. Ha készen áll, nyisson tüzet, hogy megöljön. Pontosan lövöldözve megölöd az ellenségeidet. Ezért pontokat kapsz. Egy ellenség halála után trófeák eshetnek ki belőle. Ezeket az elemeket össze kell gyűjtenie. Segítenek hősödnek túlélni és további csatákat nyerni.
