A Mátrix ügynökei csapdába kergették Neót, és most neki kell felvennie a harcot. A Mr One Punchban segítesz neki legyőzni minden riválisát, és megszökni az üldözéstől. A karaktered látható lesz előtted a képernyőn, aki egy bizonyos helyen lesz. Az ügynökök minden oldalról megtámadják. A hős képességeit használva a kézi harc különböző stílusaiban, le kell csapnia rájuk. Mivel sok az ellenfél, próbáld meg egy ütéssel kiütni őket. Minden ellenség, akit legyőz a Mr One Punch játékban, pontokat kap.
