A bátor kiotói nindzsának a rendfőnöke utasítására a Sötét Földre kell mennie, és ott ősi leleteket kell találnia. A Ninja vs Zombies játékban te is csatlakozol hozzá ebben a kalandban. Hősödnek sok helyen kell keresztülmennie, és különféle veszélyeket kell leküzdenie. Zombik hordái járják azokat a helyeket, amelyekkel hősödnek meg kell küzdenie. Ha csatába lép velük, a hős különféle fegyvereket fog használni. Az élőhalottak megsemmisítésével pontokat szerezhet, és trófeákat is gyűjthet, amelyek kiesnek belőlük. A megszerzett pontokkal különféle fegyvereket és lőszereket vásárolhat karakterének a játékboltban.
