Egy Japánban található kis település irányába egy rablóosztag halad. Ennek ellenére megölik a helyieket, és kifosztják a falut. Egy bátor nindzsa harcos felállt, hogy megvédje a helyieket. A Phase Ninja játékban te segítesz a hősnek a gazemberek elleni küzdelemben. Előtted a képernyőn látható lesz az a terület, ahol a karaktered található. Egy ellenséges egység az ő irányába indul. Különféle dobófegyverek és nyilakkal ellátott íj segítségével távolról pusztíthatod el az ellenfeleket. Amikor az ellenség a közelébe ér, kardot ránt, és közelharcba kezd. Ha karddal ütöd az ellenséget, elpusztítod őket, és pontokat kapsz érte. Az ellenségek halála után felveheti a trófeákat, amelyek kihullanak belőlük.
