Egy bátor nindzsa harcos belépett egy ősi börtönbe. Hősünknek fel kell fedeznie, és össze kell gyűjtenie az összes aranyvarázsérmét. A Ninja Auto Run játékban te segítesz neki ebben a kalandban. Ön előtt a képernyőn látni fogja a börtön egyik szobáját. A hősöd egy bizonyos sebességgel fog rajta futni. Útközben a földből kilógó tüskék, különböző magasságú akadályok és egyéb csapdák jelennek meg. Amikor a hősöd szembejön ezekkel a veszélyekkel, ugrásra kell késztetened őket. Így a nindzsád átrepül ezeken a veszélyeken. Útközben segíts a karakternek aranyat gyűjteni, amiért pontokat kapsz a Ninja Auto Run játékban.
