A legkülönbözőbb univerzumokat egymás után ragadják meg a Skibidi vécék szörnyei. Mario szorosan követi a híreket, és megérti, hogy előbb-utóbb eljutnak a Gombabirodalomba. Úgy döntött, hogy ezt megakadályozza, és elment az elfoglalt világokba, hogy elpusztítsa az ottani gazembereket. Okkal döntött így, hősünk sokáig szolgált a hírszerzésben, bár kevesen tudnak róla, és minden szükséges képességgel rendelkezik. A hős azon a területen találja magát, amelyet a Skibidi szörnyek elfogtak. Egy kémtudással rendelkező vízvezeték-szerelőnek fel kell fedeznie a környéket, és meg kell próbálnia mindent a lehető legcsendesebbé tenni. A teljes csendet azonban nem lehet elérni. Irányítsd mozgását a nyilakkal. Útközben akadályok lesznek, amelyeket át kell ugrani. Az ütközések elkerülhetetlenek, és érdemes előre felkészülni rájuk, hogy a legkényelmesebb pozícióból támadhassunk. A tiéd nem tud majd fegyvert használni, mert a hangos lövések felesleges figyelmet vonzanak a személyére. Vegyen részt kézi harcban az ellenséggel, csapjon le a Z billentyűvel, és haladjon előre a Super Spy Mario VS Skibidi WC-ben. Minden teljesített szint jutalomban részesül, és képes lesz megerősíteni Mariót.