Kísérleteket végezve az objektumok méretének csökkentésére vonatkozóan, a tudósok a mikrouniversumba estek. Mint kiderült, apró, agresszív lények lakották, akik megtámadták a karaktereinket. Most a Codename Space Babes játékban segíteni kell a hősöknek az életükért folytatott harcban. Különböző repülőgépekkel támadják meg őket. Önnek, a hajót irányítva, manővereket kell végeznie, és ki kell vinnie a héjból. Fegyvereidet használva vissza fog lőni, és lelőti az ellenséges hajókat.
