Az új Mr Ninja Fighter játékban elmész az ókori Japánba, és segíteni fogsz a bátor nindzsa háborúban a rablók bandáival szemben. A karakterednek el kell mennie az ország távoli tartományaiba, és el kell pusztítania az összes bűnözői bandát. Mielőtt a képernyőn megjelenik, karddal felfegyverzett karakter látható lesz. Előre fog haladni az ösvényen. Útján különféle mártások esnek a földbe és csapdákba. A vezérlőbillentyűket kell használnia, hogy a karaktered átugorja őket. Amikor az ellenséggel találkozik, ütje meg kardjával és pusztítsa el az ellenséget.
