A bátor nindzsaharcos belépett az ellenség területére. A hősödnek el kell lopniuk titkos dokumentumokat az egyik arisztokrata kastélyából. A játékban, a Ninja Runnernek segítened kell a nindzsa háborút, hogy integritásban eljusson hozzá. A hősök egy bizonyos útvonalon fut az út mentén. Különböző akadályokat és kudarcokat fog találni. Meg kell tennie, hogy ő átugorja ezeket a veszélyeket. Útközben próbálja összegyűjteni különféle tárgyakat és mindenütt szétszórt aranyat.
