A Jack nevű fiú a városban jól ismert huligán, aki állandóan a városi épületek falát festi. Miután odaért az állomásra, és elkezdett ott újabb képet festeni. Erre egy rendőr elkapta, és most a srácunknak el kell menekülnie előle. A Rail Runner-ben segíteni fogsz Jacknek ebben a kalandban. Előtted a képernyőn meglátod a karakteredet, aki a vasúti sínek mentén fut majd fokozatosan egyre gyorsabbá. Különböző akadályok merülnek fel az út során. Amikor hősöd az egyik akadály közelében van, bizonyos vezérlőgombokat kell használnod. Akkor hősöd átugrik és átrepül ezen az akadályon. Ha nincs ideje reagálni, futás közben nekiütközik és megsérül.
