Egy távoli csodálatos világban olyan lények élnek, mint Pokemon. A természeti szellemeket imádó csoportokra vannak felosztva. Egyszer a Tűz és a Víz szellemének imádói rituálét hajtottak végre, és megidézték ezeket az isteni entitásokat ebbe a világba. De kiderült, hogy nagyon gonosz szellemek, és kiszabadultak az irányításból. Most az egész bolygó káoszban van, és természeti katasztrófák folyamatosan történnek. Önnek a Pokemon Emerald Version játékban meg kell küzdenie velük. A képernyőn előtted egy bizonyos terület jelenik meg, ahol a karaktereid találhatók. Megtámadják például a Tűz szellemét. A műveleteiket egy dedikált kezelőpanel segítségével irányíthatja. Segítségével arra kényszeríti Pokémonját, hogy különféle varázslatokat alkalmazzon, amelyekkel ártanak ellenfelének.
