A bátor Thomas lovag ma a királyság távoli területeire megy, hogy különféle börtönöket szabadítson ki a szörnyektől. Te a Hexa Dungeon játékban segítesz neki ebben a kalandban. A képernyőn egy dungeon terem jelenik meg előtted, amelyben hősöd és ellenfele lesz. A játéktér alján különböző színű ikonok találhatók. Minden ikon felelős a lovag meghatározott tevékenységéért. Például, ha erőteljes támadást akar végrehajtani az ellenség ellen, akkor keresse meg a megfelelő színes ikonokat, amelyek mellett állnak. Ha összekötöd őket egy vonallal, arra kényszeríted hősödet, hogy támadjon és ártson az ellenségnek.
