Az igazságtalanul elítélt foglyok kis csoportja börtönbüntetés megszervezése mellett döntött. A Prison Break 3D játékban segít nekik szabadulni. A képernyőn előtted a csoport a börtön folyosóján áll. Kinyithatták a zárat és kijöhettek a cellából. Most egy meghatározott útvonalon kell vezetnie őket. Műveleteiket a vezérlőgombokkal vagy az egérrel vezérelheti. A börtön helyiségeiben cellákat, valamint őröket helyeznek el. Ezt figyelembe kell vennie. Útvonalának a kamerák megfigyelési területén kívül kell lennie. Emellett nem szabad, hogy az őrök elkapják. Ha ez megtörténik, a börtönben riasztást adnak ki, és foglyait elkapják.
