A Pixelmon nevű lény a Minecraft világában él. Hősünk valahogy az ország legtávolabbi régióiba ment, hogy itt letelepedjen és egy kisvárost építsen. Te a Pixelmon Craft játékban segítesz ebben. A képernyőn előtted meglátod a karakteredet, aki egy bizonyos helyen van. Ennek oldalán egy kis térkép látható, ikonokkal, amelyek a különböző erőforrások helyét jelzik. Hősödnek meg kell látogatnia ezeket a helyeket, és meg kell szereznie ezeket az erőforrásokat. Ezután egy speciális kezelőpanel segítségével megkezdi különféle épületek építését hősünk igényeihez. Új eszközöket és fegyvereket is létrehozhat.
