Mariónak eddig csak gonosz gombákkal, csigákkal és örök ellensége, Bowser más csatlósaival kellett megküzdenie. De ezek csak virágok ahhoz képest, ami a Super Mario Commanderben vár rá. Az űrből alattomos támadást hajtottak végre váratlanul a Mario világ ellen. Szörnyű és gonosz lények, fogig felfegyverkezve, pusztítást végeztek az egykor békés királyságban. Mariónak komoly fegyvert kell vennie, és el kell játszania egy szuperhős szerepét. És ahhoz, hogy sikeres legyen, segítsen a vízvezeték -szerelőnek új szerepet szerezni magának. A Super Mario Commanderben meg kell tisztítani a platformokat az űrkalózoktól, és vissza kell hozni a világot a földre.
